盡管 BAF工藝已發展出諸多形式，但其對自動控制的基本要求是一致的。

（1）保證進水的水量和均勻：由于 BAF工藝常常是多個池并聯工作，這就存在著每個被池的進水水懸是否大致相同，污水中每個濾池中的停留時間和上升流速是否合理的問題，因此需要由控制系統監控每個濾池的進水水量。當濾池間的進水水量出現偏差時，能夠及時讓管理人員知道，甚至能夠做到自動調節各進水支管的流量，保證污水在每個濾池內的停留時間大致相同，最低要求也要能監控進水總管的流量，以明確系統目前的運行狀態。

（2）保證工藝曝氣的均勻：BAF工藝的工藝曝氣管道布置在板上方的托層內，上方是幾米高的濾料層，導致曝氣器上方阻力變化的因素多，易出現曝氣不均勻的現象，一旦出現，維修起來也很困難。因此能夠通過自控系統及時監控每個濾池曝氣管道的風量，并找到一種最簡單的解決曝氣不均勻現象的方法，就成了 BAF 工藝控制的一個重要任務。

（3） BAF 反沖洗的控制：由于 BAF 工藝常常是多個濾池并聯工作，而反沖洗采用的水泵和風機的共用一套，因此控制系統必須能準確地了解到多個濾池中有哪個或是哪幾個濾池需要進行反沖洗，將這些需要反沖的濾池排隊，及時準確地切換濾池上各閥門的開關，同時將處于反沖洗狀態的濾池進水量分配至其他工作濾池，以正常工作的每個濾池的進水不發生大的變化為原則。在反沖結束時再將閥門切換回來。

（4）保證反沖洗時適當的水量和氣量：反沖洗時的水量和氣量決定了反沖洗后BAF濾料上的生物膜厚度。若反沖洗水量和氣量不夠，則不能將濾料間截留的懸浮物質徹底清除掉，使濾料的截污能力下降，下一次反沖洗周期變短。反沖洗水量和氣量過大，在沖走濾料間無機雜質的同時，也會使附著在濾料上的生物膜因過度沖劇而流失，導致下一周期開始時的一段時間內濾池去除效率下降。

  目前 BAF 這樣的新型工藝，可參看的實際經驗還不多，設計的數據也不十分精確，這樣就需要在運行過程中通過自控系統調整各個控制參數，以便得到更好的處理效果。